O governo Luiz Inácio Lula da Silva (PT), por meio da CGU (Controladoria-Geral da União), pôs fim na Secretaria de Combate à Corrupção e rebaixou a Diretoria de Operações Especiais a uma coordenação localizada dentro do gabinete de outra estrutura na pasta.
A CGU, que é o órgão responsável pelo controle interno do governo e tem como funções a atuação na defesa do patrimônio público, na prevenção e combate à corrupção e no incremento da transparência de gestão, alega que, mesmo com a alteração, a função de combate à corrupção “permeia todo o trabalho da Controladoria-Geral da União”. Porém, de acordo com o Folha de São Paulo, servidores ouvidos de forma reservada apontam que, na prática, o tema foi colocado em segundo plano.
Parte das atribuições da Secretaria de Combate à Corrupção foi direcionada para a recém-criada Secretaria de Integridade Privada, que estimula boas práticas no setor privado para evitar irregularidades. Outra parte do antigo setor de combate à corrupção foi direcionada para a Secretaria Federal de Controle Interno, que é responsável pelas auditorias. É num gabinete dentro dela que foi incluída a área de operações especiais.
O setor de operações especiais, que fazia parte da extinta secretaria, promove investigações de combate a desvios e mau uso de recursos públicos. Até o momento, não foi nomeado um coordenador titular, e o posto está sendo ocupado por um substituto.